Debian GNU/Linux 依照 文件系统层次标准 (Filesystem Hierarchy Standard) 安排文件以及文件命名。该标准让用户和软件程序预知文件以及目录的位置。根目录只是简单表现为 /。在根层次,所有的 Debian 系统包括这些目录: 
| 目录 | 内容 | 
|---|---|
| bin | 基本命令执行文件 | 
| boot | boot loader 的静态链接文件 | 
| dev | 设备文件 | 
| etc | 主机特定的系统配置 | 
| home | 用户目录 | 
| lib | 基本共享库以及内核模块 | 
| media | 用于移动介质的挂载点 | 
| mnt | 用于临时挂载文件系统 | 
| proc | 系统信息的虚拟目录 | 
| root | root 用户的目录 | 
| run | 运行变量数据 | 
| sbin | 基本系统命令执行文件 | 
| sys | 系统信息的虚拟目录 | 
| tmp | 临时文件 | 
| usr | 第二级目录 | 
| var | 不断变化的数据 | 
| srv | 系统提供的用于 service 的数据 | 
| opt | 附加的应用程序软件包 | 
下面列出关于目录和分区的重要考虑。要注意磁盘的使用随系统配置和特定用途有很大变化。这里所推荐的是通用指引,提供如何分区的起点。
根分区 / 必须总是物理地包含 /etc、/bin、/sbin、/lib、/dev 和 /usr,否则您将不能启动系统。这意味着您需要为包含 /usr 分区的根分区提供 700–850MB 大小空间,或者为工作站或服务器的安装提供 5–6GB 大小空间。 
/var:所有的可变数据,如新闻组文章、电子邮件、网站、数据库、软件包系统的缓存等等,将被放入这个目录。这个目录的大小取决于您计算机的用途,但是对大多数人来说,将主要用于软件包系统的管理工具。如果您准备一次性地做一个全面的安装,包含 Debian 提供的所有程序,/var 下面 2 或 3GB 的空间应该够用。如果您准备逐个安装(也就是说,安装服务程序和工具,然后是文本处理工具,然后是 X,...),您准备 300–500 MB 就行。要是硬盘空间很紧张,并且不准备做主版本的系统升级,可以为其准备 30 或 40MB 大小。 
/tmp: 程序创建的临时数据大都存到这个目录。通常 40–100 MB 应该足够。一些应用程序 — 包括归档处理程序、CD/DVD 制作工具和多媒体软件 — 可能会使用 /tmp 临时保存映像文件。如果要使用这些程序,应该相应地调整 /tmp 目录的大小。 
/home:每个用户将放置他的私有数据到这个目录的子目录下。其大小取决于将有多少用户使用系统,以及有什么样文件放在他们的目录下。根据规划的用途,应该为每个用户准备 100MB 空间,不过应该按您的需求调整。假如您在 home 目录下计划保存大量的多媒体文件(图片、MP3、电影),该预备更多的空间。